基于 SNP标记的紫薇遗传多样性分析

以国内外搜集的85份紫薇种质为材料，利用SNP分型数据计算群体多态性信息含量(polymorphism information content,PIC) 、期望杂合度( Expected heterozygosity，He )，基因多样性（Gene Diversity），遗传相似系数(Genetic Similarity,GS)等，根据遗传相似系数绘制聚类图；根据堇、红、银、复色四种花色对紫薇种质进行分群，然后分别计算聚类群组和花色群体的遗传分化参数，进行遗传多样性和类群间遗传关系分析。结果发现：根据基因分型结果筛选出21个高质量的SNP标记，这些标记在85份紫薇种质中的多态性信息含量范围为0.04~0.37，平均为0.33；期望杂合度变化范围为0.12~0.49，平均为0.33；遗传相似系数为0.24~0.95。通过Neighbor-joining( NJ) 聚类分析，将85份紫薇种质划分为7大类群。紫薇遗传多样性丰富，不同类群间存在较高的基因流，堇薇群体与银薇群体遗传多样性最高。这些结果表明SNP标记适用于紫薇遗传多样性分析。